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8月30日，国税总局所得税司副司长叶霖儿在政策解读会上表示，自然人合伙人（通常所说的“个人LP”）的分配所得，应按照“个体工商户的生产、经营所得”项目缴纳个人所得税。
这意味着，个人参与投资合伙企业转让股票时的所得税应从部分地区现行的20%比例税率改为按照最高35%（5%~35%）的超额累进税率进行征收。
按照个税法的规定，“个体工商户的生产、经营所得”适用5%~35%五档累进税率；“利息、股息、红利所得”20%比例税率。
记者查阅多个地方性税收优惠文件，此前多地按照20%比例税率实行。8月31日，一位税务系统人士告诉《每日经济新闻》记者，目前流传的文件未向纳税人公开，按照以往经验，地方税收优惠政策与税务系统的指导意见发生摩擦时，同一地方征收标准不会出现差异，但具体到征收时间和方式，税务人员会和纳税人进行充分交流和沟通，不会突然“一刀切”。
有限合伙模式避免双重缴税
什么是有限合伙企业？有限合伙制已经逐渐成为风险投资、股权创投等投资公司创立企业的首选，有限合伙指一名以上普通合伙人与一名以上有限合伙人所组成的合伙。实质上是介于合伙企业和有限责任公司之间的一种企业形式，也就是说它是合伙企业的一种特殊形式，并不是公司。
有限合伙企业的优势在于，传统有限责任公司制除了要缴纳企业所得税，公司股东还需要缴纳个人所得税，也就是双重缴税。有限合伙企业只需要缴纳合伙人的个人所得税，不需要缴纳企业所得税，企业成本大大降低。
由于有限合伙企业存在分配机制灵活、税务透明体属性、风险约束有效、资金效率较高等优势，因而备受私募基金管理人和投资人的青睐，成为私募基金（尤其是股权、创投类私募基金）的主流组织形式。
那么合伙人如何缴纳个税？这要追溯到2000年的一份规范性文件。财政部和税务总局发布《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，明确个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
按照8月31日新通过的个税缴纳标准，“个体工商户的生产经营所得”应纳税所得额超过50万的部分适用最高35%税率。
深圳曾“温馨提示”要取消优惠
不过，多地政府近年来出于鼓励股权基金发展，促进本地区融资多样化等诉求，会出台优惠政策，自然人有限合伙人（LP）的个税税率是优惠内容之一。
记者查阅多地文件后发现，山西等省均出台政策，规定投资类合伙企业的自然人合伙人按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，其税率适用比例为20%。
在实际执行中，一位中部省份税务系统人士告诉《每日经济新闻》记者，当地一般就是按照20%税率征收。
记者还发现很多地方的口径并不完全一致，个别省市还会在适用20%税率的基础上，按一定比例奖励返还给纳税人。
比如，安徽省芜湖市2016年发布的《芜湖市促进股权投资基金业发展办法》中规定，以有限合伙制设立的合伙制股权投资基金中，自然人有限合伙人，按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，对其中的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%，其他按照“个体工商户的生产经营所得”项目，适用5%~35%的五级超额累进税率计征个人所得税。其缴纳的个人所得税地方实得部分60%给予奖励。
另外，还有些地方曾打算过取消该项税收优惠。深圳地税局相关负责人证实，该局确实以“温馨提示”的形式，告知地税局将按照国务院清理规范税收等优惠政策的要求，于2014年12月1日起停止实施合伙制股权投资基金和股权投资基金管理企业的个人所得税的优惠措施。
2015年底，深圳恢复了该项税收优惠政策，仍在继续执行中。
政策存弹性空间
根据8月31日通过的个税法案，经营所得适用5%~35%五档累进税率，其中超过50万元的部分税率为35%。
据财联社报道，中国基金业协会仍正在努力与相关部门协商。
8月31日，一位税务系统人士告诉《每日经济新闻》记者，目前流传的文件未向纳税人公开，按照以往经验，地方税收优惠政策与税务系统的指导意见发生摩擦时，同一地方征收标准不会出现差异，但具体到征收时间和方式，税务人员会与纳税人进行充分交流和沟通，不会突然“一刀切”。
相关业内人士还向记者分析，按照以往，这种情况涉及到的税务、行业和地方相关部门会进行商讨，最终拿出解决办法。
一位PE行业研究员向记者表示，私募基金投资门槛较高，参与私募投资的个人LP均为高净值人群，很多机构的起投点甚至设在300万元或500万元。天使轮投资资金规模达几亿元，后期的私募可能有上百亿元规模，通常私募在企业IPO之后退出，这当中利润很高，自然人合伙人的收益远超过50万元，将会适用最高税率35%。
不过，一位私募基金负责人向记者表示：“他们大多数基金是契约型基金，不是有限伙伴，所以个税的影响不大；另外，我们的基金都是到期一起清算的，其他机构都是有一个项目退出，就立刻进行收益分配，然后清算时再次剩余清算，这种影响会最直接最大。”
