人力资源管理系统的发展历史可以追溯到20世纪60年代末期。第一代的人力资源管理系统支持的用户非常少，充其量也只不过是一种自动计算薪资的工具，既不包含非财务的信息，也不包含薪资的历史信息，几乎没有报表生成功能和薪资数据分析功能。
第二代的人力资源管理系统出现于20世纪70年代末。第二代人力资源管理系统对非财务的人力资源信息和薪资的历史信息都给予了考虑，其报表生成和薪资数据分析功能也都有了较大的改善。但这一代的系统未能系统地考虑人力资源的需求和理念，而且其非财务的人力资源信息也不够系统和全面。
人力资源管理系统的革命性变革出现在20世纪90年代末。第三代人力资源管理系统的特点是从人力资源管理的角度出发，用集中的数据库将几乎所有与人力资源相关的数据统一管理起来，形成了集成的信息源。
Internet/Intranet也给人力资源管理带来了新的挑战和机遇。eHR实际上是一种基于Internet/Intranet的人力资源管理系统。一方面，eHR可以缩短管理周期，减少HR工作流程的重复操作，使工作流程自动化，减少不必要的人为干扰因素。另一方面，eHR可以使HR部门从提供简单的HR信息转变为提供HR知识和解决方案，可以随时随地向管理层提供决策支持，可以向HR专家提供分析工具和建议，可以建立支持HR部门积累知识和管理经验的体系。
