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如果大部门不能顺利渡过磨合期，不能及时协调矛盾冲突，大部门就有重新分开或曰解体的可能
随着大部制改革的深化，过去的小部委变成了“超级大部门”的内设机构，使得“超级大部门”的内部组织结构及它们之间的关系更加复杂，对内设机构的运行以及政府职能的实现带来了巨大的挑战。
超级大部以后，并非已是万事大吉
大部制改革实际上是通过部门合并，使部门间利益和权能冲突与协调变为部门内部利益和权能冲突与协调，也就是化部际协调为部内协调的一种方法。随着部门间利益和权能冲突的减少和部门内部利益和权能冲突的增多，大部制改革使得部内协调的难度加大。
超级大部的成立在某种程度上是为了把大量的协调工作转到部门内部进行，以减轻部门之间管理和调配人、财、物的利益和权能的负担，使有限的人、财、物发挥更大的功能和作用，从而提高行政效能。但是，实际上，由于超级大部的内设机构的利益和权能调整常常无法到位，内部管理幅度(部委领导机构与各司局之间、各个司局与处室之间直接管理的机构数量)却在增加，这些内设机构之间的协调常常变得负担更重，真正的部门一体化和职能整合往往无法实现。
因为，一项决策落实到超级大部以后，并非已是万事大吉，还需由超级大部的内设机构也就是部委内各司局甚至处室去具体执行。只有把一项决策落实到了各部委的司局及其处室，部内行政才算基本到位(部外行政是将部委决策落实到社会组织和公民个人)。在这种情况下，主要承担协调任务的办公厅等会超负荷运转，主要表现为公文积压、机构臃肿和效率低下等。
与此同时，超级大部作为一种多个机构合并后产生的新的组织形式，部内各内设机构需要一个磨合期，才能较好地建立起彼此之间的协作关系。在这个磨合期里，一个部门内设机构也就是司局之间或者处室之间的矛盾冲突，可能丝毫不亚于原先不同部门之间的矛盾冲突。如果大部门不能顺利渡过磨合期，不能及时协调矛盾冲突，大部门就有重新分开或曰解体的可能。
英国在上世纪七十年代进行了大部制改革，成立了一些“特大部门”，但是由于内部协调的困难，这些“特大部门”实际上有很多都没有形成真正的内聚力。例如，上世纪七十年代中期成立的环境事务部就是由许多部委凑在一起组成的一个庞然大物，但不是一个有机结合的统一体，运行几年后因内部利益和权能冲突无法得到很好的协调和解决，很快又分开回到了上世纪六十年代的样子。
超级大部“家务事”多，部长监督和控制的难度加大
大部制改革会增加部门行政首长的管理幅度。由于管理幅度的扩大，分管领导也就是副部长和部长助理协调内设机构之间利益和权能冲突的难度也将越来越大，司局之间矛盾冲突的解决最终还是要依靠部长，这势必会增加部长的工作负荷，使其因忙于协调部内各司局之间关系，而忽视了与其它部门之间的交流与沟通，甚至会影响中央政府部门之间的协调，也就是部际协调，从而导致以加强机构整合力度和实现中央政府一体化为目标的大部制改革宣告失败。
例如，英国1976年把交通工作从特大的环境事务部分出来，在一定程度上就是由于认为交通政策没有受到大臣的有效控制造成的。中国2008年的第一轮大部制改革以后，一些部委下设司局达数十个，部长监督和控制起来十分困难。
少了“上级压力”，部内协调的成本增加
大部制改革是将政府相同及相近的职能进行整合，归入一个部门管理，或将一些职能相近或相关的部门整合为一个较大的部门。一方面，超级大部内设机构过多将加剧条块分割和职能交叉重叠的现象。而另一方面被整合进超级大部的原有各部门，其本身就是在相关职能领域具有较大权能的部门，分部而治时的矛盾冲突不会因为合并进同一个部门而消失，部门内部司局之间或处室之间的利益和权能冲突甚至丝毫不亚于部际之间的冲突。所以，将部际冲突内部化，从另一种意义上只是将外部的协调成本转嫁到内部，并不意味着内部协调的成本一定比外部协调的成本低。
从2008年以后中央和地方大部门的运行来看，不少大部门的内部人、财、物和信息的协调甚至比合并前更加困难、成本更高。这不仅仅是因为办公地点的分离、人员的不熟悉、业务的不了解、合并中利益和权能重新分配中的不公平使部门间、人员间有怨气等造成的，更因为原先的部际协调还有国务院及其分管领导来协调，各部委对本部门的利益和权能不好过多的坚持的“上级压力”，而现在的大部门内部协调就少了这个“上级压力”。这对于新一轮大部制改革后的超级大部来讲是一个必须十分重视的棘手问题。
“超级大部”可能加剧央地条块矛盾
大部制改革后出现的“超级大部”可能加大我国中央政府与地方政府之间的条块矛盾。我国幅员广阔，条块结构如果利用得好的话，会收到积极效果;反之，则会产生条块矛盾。这种矛盾的一种表现就是中央政府各职能部门尤其是中央政府垂直管理部门与地方政府之间的摩擦。
本来，中央政府职能部门之间的牵制是一种权力相互制衡力量。而在实行大部制后，由于比起没有改革的政府职能部门，超级大部的权能扩大使得这种制衡力量被减少或消灭。这意味着“条条”的管理权能增加。在管理权能一定的情况下，一方权能的增加意味着另一方权能的减少。由此，中央大部权能的扩张会影响地方政府积极性的发挥。此外，超级大部管理权能的增加意味着它能够用于与地方政府摩擦的潜在能量增加。如果两者形成一种均势状态，双方摩擦的可能性会更大。
超级大部办公厅应从部委的“秘书”转变为“秘书长”
超级大部中的大司局需要大协调。覆盖部门基本职能的机关越少，司局职能范围则越宽;司局权力相对扩大，对部内综合协调能力的要求则相对较高。目前，我国中央政府各职能部门所属的办公厅并未承担其应有的综合协调职责，只是承担机关公文、日常工作的协调和督查、政务公开、新闻发布等一些日常管理工作，未被正式赋予整个部委的综合协调的地位和作用，这和国务院办公厅未被正式赋予综合协调的地位是相一致的。因此，中央政府各职能部门所属办公厅尤其是超级大部所属办公厅并不能站在部门全局的高度，去适应大部制改革后对部内协调提出的新要求。
大部制改革后形成的超级大部应该承担起双重责任，既要保持超级大部和其他部门以及社会环境的适应性，也要管理部门内部各内设机构之间的依存性。超级大部所属的办公厅无疑是大部制改革后的部门领导担负其双重责任的有效抓手。超级大部所属办公厅的优势在于能将行政管理中的协调职能专业化、常态化，它突破了传统的“一事一协调”、“一时一协调”的限制，强调办公厅作为综合协调机构的独立性和综合协调机制的长期性，有利于提高部门的综合治理能力。因此，超级大部所属办公厅不再是一个单纯的文件和信息的交换中心，更应承担起协调部内各内设机构的关系和疏通工作渠道的重任。这就要明确超级大部所属办公厅的宏观协调职责，确立其作为部门领导办事机构的综合协调中心地位，研究制定跨司局的协调措施、指导督促司局间合作、开展联合监督检查等工作，即从部委的“秘书”角色转变为“秘书长”角色。
构建超级大部内设机构之间的协调机制
随着超级大部内设机构的增多，协调任务也会不断增加，各内设机构之间需要一段时间磨合，才能建立良好的合作关系。因而，政府不仅要保证内设机构在一定程度上的独立性，而且，要构建超级大部内设机构之间的协调机制，进一步减少运转成本，提高职能行使效率，使政府职能向更适应市场经济的方向对接。但是，我国中央政府各职能部门内部尤其是超级大部内部现行的协调机制还不够完善，明晰的协调方式、明确的协调层级尚未确立。
对于我国中央政府而言，除了加强超级大部中办公厅的宏观协调职责，还需要加强大部委中财务司和人事司协调其它各内设机构利益和权能的职责。目前，这些司局在内设机构利益和权能的协调职责中所起的作用还很有限。
促进超级大部内部决策权、监督权和执行权的适度分离
就目前的中国政府而言，部内党组和部务会议本应主要是决策机构，思考和决定部委内部和外部的重大问题，同时也有部分监督、协调职能。可是，如果部内党组和部务会议把主要精力放在监督、协调职能上，甚至经常直接干预司局的执行事务，则不利于发挥它主要是决策机构的功能。所以，应该把协调、监督和执行的职能交给办公厅和各相关司局等机构去承担。
目前的部长、副部长、部长助理“分管制度”实际上使部内党组和部务会议成员既要管决策，又要管执行、协调和监督，在实际工作中很多部委领导把大部分精力用于执行、协调和监督职能。这样，一方面，部委领导整天忙于事务性工作，没有太多的精力去思考战略、规划和政策方面的重大问题，另一方面使下属部门和机构又陷于有事无权的尴尬境地，严重影响部委的整体工作效能。
通过促进大部门内部决策权、执行权和监督权的分离，不仅可将超级大部的领导和领导机构从繁重的执行、协调和监督任务中解脱出来，而且，也将使超级大部从因繁重的执行任务而产生的各种利益冲突中超脱出来，从而加强了其决策权和监督权的实施力度。这样，既可以使大部门本身得以权能“瘦身”，又可以加强中央政府、中央政府其他职能部门对超级大部权力的约束与监督，也可以促进超级大部各内设机构之间利益和权能协调的实现。
大部制改革要与政府权能的集中与分散改革同步进行
部门的合并常常意味着新的大部门利益和权能的扩大，可是，大部门制如果只是意味着权能扩张的话，实际上就违背了大部制改革的初衷：集权与分权的平衡。所以，大部制改革一定要与政府权能的集中与分散或曰集权与放权改革同步进行。
要达成此项目的，一方面，要促进大部门内部决策权、监督权和执行权的分离，另一方面，要在中央政府整体层面上构建决策、执行、监督适度分离的组织架构。要将原属于市场、企业、社会和事业单位的职能逐步从超级大部乃至整个中央政府中分离出来，设立专门的执行机构或者划分给市场和社会，避免因集决策、执行、监督于一身而产生的种种弊端，这也是解决中央政府与地方政府条块矛盾的重要途径之一。比如，同一行业中，管政策法规和制度设计，管决策、执行和监督的行政职能保留给超级大部，而管经营和利润、业务和发展的专业公司、学校、研究机构等独立为企业和事业单位的安排，就是这种集权与分权的有机结合。
行政管理体制改革是一项系统工程，大部制改革的成功需要依赖一个设置合理、结构科学、运作高效的内部体系的支撑。部门内设机构利益和权能的协调直接影响大部制改革的成效乃至成败，所以，健全大部门内设机构利益和权能协调的体制和机制应该成为新一轮大部制改革特别关注的重点之一。(作者：施雪华 作者为北京师范大学政治学与国际关系学院二级教授、博导)
